Một điểm thú vị về giao diện trực quan của Arx Fatalis chính là hệ thống phép thuật. Sử dụng chuột và phím Ctrl để kích hoạt ký hiệu phép thuật (rune) và phải trực tiếp điều khiển chuột vẽ lại những ký hiệu đó nếu muốn triệu tập một phép thuật nào (cast spell), nếu người chơi vẽ không đúng thì không thể gọi phép được. Bên cạnh đó, người chơi cũng cần vẽ sẵn ít nhất là 3 ký hiệu pháp thuật để có thể dùng ngay lập tức trong các trận đánh cũng như trong các cuộc thám hiểm. Ngoài ra game cho phép người chơi tìm kiếm hoặc mua các loại rune khác nhau trong suốt cuộc hành trình, kết hợp các loại rune sẽ mở khóa các phép thuật mới.[4]

Giao diện hành động đã được đơn giản hóa cho phiên bản Xbox vì lý do giới hạn phần điều khiển trên tay cầm của hệ máy này. Mỗi hướng của nút pad định hướng tương ứng với một hướng chuột khác nhau và sự kết hợp khác nhau của hướng được nhập vào với các phím định hướng để vẽ rune và gọi phép tương ứng. Một hàng đợi lên đến 3 phép thuật có thể được sắp xếp trước, sẵn sàng được kích hoạt chỉ nhờ nút bấm A. Ngoài ra còn có chế độ phép thuật ngay lập tức cho phép người chơi chỉ cần chọn các phép mà họ ưu thích từ danh sách các phép thuật đã học được trong suốt quá trình chơi.

Ngoài ra, game còn hỗ trợ chế độ lén lút sẽ hoạt động khi bạn nhìn thấy biểu tượng lén lút xuất hiện trên giao diện. Trong chế độ này sẽ giúp người chơi không bị đối phương phát hiện khi đang ở trong những vùng tối tăm, thậm chí cả những nhân vật NPC do máy điều khiển cũng không thể nhìn thấy được.[5]